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CIS-REGULATION

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  2. Region 'REG00000348'
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Cis-regulatory Region

Name

Ci-RAR -4739/312

Short name

n/a

Region ID

REG00000348

Status

Curated

Origin

natural region from C. robusta formely Ciona int. type A

Type of Activity

no_output

Author

Émilie Carmona (2007-12-28)

Annotator

Émilie Carmona (2007-12-28)

Curator

Delphine Dauga (2010-06-28)

View position in WashU

Description

This region is the root of the RAR analysis (meaning includes all regions tested), but it was not itself experimentally tested.

Hierarchy of Regulatory Regions

Regulated gene(s)

KH2012:KH.C9.580 (RARA; RARB; RARG)

Construct(s) made to test this region
n/a
Overview of functional TF binding sites in this region

3,688,4773,693,527

Motif Name Binding Factor(s) Sequence Position in Region Comment

Sequence

Aniseed Coordinates: [3,688,477 / 3,693,527] on scaffold KhC9

Sequence from JGI V1.0

Show sequence

Length: 5,051

AAAGCCACCTTTGTAGAATTACACATACGATTAAAATGTGACACGTTGCAGTTAATATGA
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CTTGAAGAGAGTATTCGTCACCTAATCACGTTTAAACTGTCGTCACTATAGCTGGTAGTT
TATCACTGTAGTTGCTTTTTTCCTGGTAAGCACTTCAGCTTAAAGAACAACATTGGCAGC
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TGTTCTAGTTAATTAGTACAAAGCATTGAGCTTCCAGCAAGCAACTTGTTTTATTGTGGT
GTCAGTATCAGCGTGATAGCGTTGTTGAACTCTGCGTGAATACTATAGCATGATGAACGT
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TCCTACATCTACAATATGCGATGCTATGACTGGCATGCCACGTTCGCATAATACAATGGC
ATCTATGATAGATTCCCCGCCACCGTTACAGAATCTGACCATTCATTCGAATAACTATCC
TCGGCAATATT

Reference(s)

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