- Region 'REG00000445'
Cis-regulatory Region
Name
Ci-RORb -1649bp/4353bp
Short name
n/a
Region ID
REG00000445
Status
Curated
Origin
natural region from C. robusta formely Ciona int. type A
Type of Activity
regulatory_region
(extended_promoter)
Author
Hélène Auger (2009-06-25)
Annotator
Clara Degos (2009-06-29)
Curator
Delphine Dauga (2010-04-12)
Transcription start site is based on the start of the first exon of the KH transcript model. Construct used to test this sequence is named BL in the paper.
2,703,6662,709,666
| Motif Name | Binding Factor(s) | Sequence | Position in Region | Comment |
|---|
Aniseed Coordinates: [2,703,666 / 2,709,666] on scaffold KhC8
Sequence was found using primers described in the paper.
Show sequence
Length: 6,001
TCGTAACGTTTTGATCTTCTATAATTCACGCTTCGGTTGTAAGACATAGTTTATAGCGTC
GTAAATATGTTTATTGTATTGTTGTGGGCGGGATTGAATTTTTTTAACAGGTCGTAAAAT
TTGGCATTAAAGGTATTATATTGTCTCTCTCGAGATGGCACGCTTATGTATTTTGCATGT
ACGACAGGTTAAACCTGAATTATATACTGATTAAATTGAAATGTTCATGAAACAACTACC
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GCATAACGCAGTGCCGGGTTTTGAGTTAGCAGTACAGCCTGCCAGGCACGTTTGCCTCCA
ACACCGCCACACCTGCATTGAGTAGAGAATGCTTGAAGCACATCTTAAGCGCTTTTGACA
TAATAACCCCCTTTCGTGACAAAAAAATGCATTTTAGCTCTATTTTTTTTGTATAGTAGT
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ATTAACAACGGTCTATGGGAGTCGTGGGGATACGGTTTTATCATTCTTTGAATGTTTTTT
GTTTAGTACAAAACGAAACGAAAAATAGAATGAAAAGGTGTCCCATCTTCCTCCACCTTA
TTATATATATATATATATATAATATATTTGTCGGAGGTTTTTGTCAAAGACCTGGGTTTG
TGCCTCATTTGGCTCAATACCCCTGCTTTTGTATATTGGTCTTTTGCAGGAAGTTGGCCA
AATTGTTGTTTTTTCAGGTACCCTGGCTAATCGCACCACAGTCCCTCACCTATGTATAAT
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ACAACTGGTTTTATAAAATTATAAAAATTTCCTGCTATAATCGGTTAGAGCAAGGAACGG
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GCGGCTCTAATTAGCGCGGACACGGGCGAGAGATATTGCCTTTTTCCTACATTTCGTGCC
CCACTCCGTAAAAGCGTTTGCGCTTTTCTATCACTATACAGTCGAATAAGTGAAACGTGA
GCGCGGTTGCTTGTTATGACTTTCTGCTTATAATTACTACTTTAATGATTTCGAAATTAG
CTCCTTTGCCAGGAGAAGCAAGATAATTGCGTGAGATTTAAGTGTACGTCTGGTTTCCAG
TATTACACGTATGTATCCTATCTTGCAGAATATTTTAAGGAAGTATTTTAAAGTACAAGT
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AGCACTTGAGGACTGGAATTTATGGTGTCTATCGTCACGCATTGATCAAAAAGTACCAGT
AGTATTGGGCGCAGTTGGTTTGGAAATTGGGCGTAAAACGAACTCTTTATGTTTGTAATA
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AGCCTCTTTCTGTGATCCGATTTAAACAGAAGTCGCACCGCGTGTTCGACCCTAATCCAG
CGACCTCTAATCTAGAATCTGCTCATTGTTTATCCCAGCACCGTCTCTTATGACGTAACA
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TTGCGTCGTCATAAGTGGTAAGACCGATTCGCGGCGCCAAACAGCCAAACACCTTACAAT
AAATTTAATTTAGAACTTTCTTCCGTTCGGATGTTTATTATTACGCACCAATTAAAACAA
AACATATTTATTACGTAATAATTTCACAACACGGCCTTTCAACAAAGGGAAACCCCCTCA
TTAAGCCGTAAACTTGTACGTGGCAAGGTTCGATCTTTTGTCAAAGGTTTGATTACTTGA
TACCAGATACAGTGGCCACTAATACGTTTCCGTTGCTGATAGCGTTAAACTGGGCAGCAG
GATGGTCACTAATTCTCTGACCAGCCGGCTTCAAACGCCCACTGCTAGCACGTTTCAAGT
TACTTAGGCTTGACTGTGATCAAAGCATGCCATGGGGTTGCTGGGGCTTCAGATGTCCGA
AAGATCCCTCTTAAAGCTAATAGAGGGTTAAGTAGGGGGTGGTGGGGTAAATTCACCGCA
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AGGTCTGCACCATTACCCACACTCCCATCTTAATCGTGTTTACGAATTCCGGTAATTTTC
GCCAAATTTTCGGGTTAAAACAGTTTGCCACGCATATGCTTCATGTTTGTTGCGCACACA
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AACCAATGCATACGTCATAGTGTATTTACAATTACACGGTCAGATGATTTTGGGTTTCGC
GCGTTTAGCGTCTAAATTTGACCGGAAGTTTCCTTGTTGATCTTAGAGGTCAAGAGAAGC
GCGGTTGTGACGACACAATGCAAGTGTTTATTTGTTTCCCGCCATTATCACGTAACAAAC
AGAGACCGATGGCTTGTAGTGTTACGTTGCACGAGAACGCGATTCGCAGTGAAACGCCGA
GATAAGACTGGGAAGTGGTCGCTTTTACCAAGTCCATGCTTTCCAGGGCAGCCAATTTGT
GTCACTCAAATCTTAGAAGCACGTTTACACAGTTTACAAAACATAGGTTTTTAAACCGGG
TTTGACAAATGGCTACTTTTACCCCACATTTATCATTATGTTGTAGTTTATTGTGTTCGA
CAAACTCTTGGGAATTGATAAACGTTTCGGGTGAAACGAATCACTGATGCAGCAGTTGTT
AAGCTTACTTTAGCAGAAAAGCCTTTCTATTCCTTGCAAATAATCAGTAAACTTTTCCAA
GGAAATTAAATTTCGTCTCATTAACAAAAGTTCACCACTGTGACACATAATCTATGTTTG
TTTTGTCCACAATATCCATTGTTCTAATCCGATTCATGCGTCATAAACGTGTCTGTGTTA
GATAATTAAATCTTCTCCAAGCGCGAACTGCGCTAATTAGCGTTGCAGAGAAGCGTATCT
CCTTCGAAACTCGCTCTTCGGTTAAATAATTGTTTAAAATCTGTCAAAAACTGTGTGTCT
GTTACTGATTTTCTGCATGAAAGTTGTCAATGCGCCGAAGAAGTCAGGCGCCTATGCAGC
ATTTTATTGACTGTGTATGTTATTTAGAGGCATGTATTATTTGCCACAGAAAATACCAGG
TTTGCTTTGGCCAAAATAATTACTGGATAACAGTCATGGAATACTGTCTGTTCCCTATTT
GGTACATGCTTCGCCCACTATACGATATGTACAGCTAGTATATGGCGCTCGTAAATCGGG
TAGTGCTGCAGGATTTGCACAATTTGCAGCACTGTGATTCTAACCAAAGGACAGTGCACG
AAATCGAGTAATCCGATTCGTATTTGCCACCCAATAGCTTATACAACCGCAGGACTTGAA
CCCTTGGTTAGCAGCGTCAAGGCCCACAGGCGTCTTATAAATTCGCCACATCGAGTTTGC
AGCCTCAGAGTTGGTTTATTTTGGAAACAAAAAACGATATCAAGTTTTGAGTATATATGA
CTCCGTAACGCCTAAAGCACCCTATGTTCGTTACGGTTTTTAATTCGTTCAAGTTTAAAT
GATAATAATACGCCAGGTAATGTATATTTCCGCGCATTATACTGAAGATTATGATCGGTT
AAAGTCTGGTTGTATTATCTATATATTACTATTGAAGTTACTGTTATTACCATTGAAGGG
ATTGAAAAGTGAGCACCCAATATCCGTTCACTTCAATTACAGTGTCGGGTTACATTCTAA
TTTGGCCGATTTACTGAAAAGGTGGCAATTCAATATTTTGAGACCAGTTTTTTAGGAACC
ATTTCACGTTTAATCTGTGCATTTGATAAATATTTTGACGATCGCACATTTTTGGCGAGT
TTATACCAATAATAGTCACTGACCAATGCCTAGGGGCTTGACTTTATCTGGACCATGACA
ACAACACATCGCGCGTGTTTGTATGTAGTTTGCACAGGCATACTGACTTCCCTTAGCTTC
GTTCTCGGGTCCAATCCCCGACTAATACAATAAATGCAACCGCTCGTAGCGAACTAATAC
CAGATTAGACCATTTTCACTGCGTCCCAGTAGAGGATGCATTATGTGTGTTCAGCAGACA
TAGGGACACTCCTAAGCGCGCCCTCATTTCTAATGGCGTCGATTTAATCCAAGCTTGACC
GATATTTCCTCTGTTGATCTCACGCCGACAACAACGACCATAAGTGACTTGAATGAATGC
AATGAAAAGACGCATTGAATCGATTAGATTAACATTAGAAACAAGGCTTCTTTTTCAGAA
TAATACATTACATAAAATGCTTTGTTTTATTTCCGTGAATAATACATTACATGAAATGCT
TTGAAATACGGAGCGATGATGGCCCGATTAAGTTTTTCGGTAAACTATAATTTAAACTTG
GGCTATTTACTGAAATATGAGTTAGATGTCACCGTAAAGTACATATGGATTTTTGTAGCG
CAAATAATTGGCGCCTTTGGCTTTAGCCCGTTGTGTCAACCCTTTAGTAATGTAGTGGTA
TGCTTAAAAGATTCACAAAGTTGAAAGGAAGCGAAATGGTTGAGTATAAGGTGTTGACTG
GCAAGCAAACCGTCCTCGCTTAAGATTGGAACTTACCGCTAACATTTACTACTTTTGCTG
GTCCAATAATACCCAGGAATTCCCATCATGTCACGCTATTGCGTCTCTCACACTGCTGGT
ACAGTTAATACAAGTTGTTGGGGAATAGTTACTAAATATTTAATGATTTATACGCGGCAT
ATCGTTGCCTCTCTGGTGAACTTTACACGGTTCGTGGTTTTGCAAATCCTTAAATTGCCA
TCCGTTTTTGCCTGGCTTAACTTCATTCATCGTAGCTAAAACTGCGCACACACTGAAAAG
AAAATGCGCGAGTATGAATGAAAATATCGGATTATAATGTAAATACATAGTACAGGTCCG
TGCACAAACGCTGTAGTTCCCAAAGTTTTACATATTTTTACACACATAAATACTGCATGA
GTTTTATTCGTCTCTGGTTAATTTTTGGTTAATATTAACTAAAATACAGCAATTAATGGC
A
