Aniseed - Transcript Card

Transcript Model

Transcript Id

Moocci.CG.ELv1_2.S650619.g30241.01.t

Possible name(s)

RHOA; RHOB; RHOC

Gene model

Moocci.CG.ELv1_2.S650619.g30241

Location

S650619 [32,400 / 35,240]

Sequences

Amino acid sequence

Length: 195

>Moocci.CG.ELv1_2.S650619.g30241.01.p
MAAIRKKLVIVGDGACGKTCLLIVFSKDQFPEVYVPTVFENYVADIEVDGKSVELALWDT
AGQEDYDRLRPLSYPDTDVILMCFSIDSPDSLENIPEKWTPEVRHFCPNVPIILVGNKKD
LRNDESTIRELAKMKQEPVKTEEGRAMAEKIGAFGYLECSSKTKEGVREVFEQATKAALQ
AKKKKTKKSGGCDLL

Nucleotide sequence

Length: 1,866

>Moocci.CG.ELv1_2.S650619.g30241.01.t
AGGTTATATGTTCTTACTTTTCAGTTATATTAAGTTCATTACAAATATACTTTACTGGAA
ATAGGAAGAACGTTTTTTCCGTCAATAGGTTGGTTACATTAAAGAAGTGACCCATGGCGG
CAATTCGCAAAAAGCTTGTTATTGTTGGTGATGGTGCTTGTGGTAAAACCTGCTTGTTGA
TAGTTTTCTCCAAAGATCAATTTCCAGAAGTCTATGTACCCACTGTTTTTGAAAATTATG
TAGCAGACATTGAAGTTGATGGTAAAAGTGTTGAACTAGCTTTGTGGGATACAGCAGGGC
AAGAGGATTACGACAGACTACGTCCTCTTTCTTATCCCGATACTGATGTAATTTTAATGT
GTTTTTCCATTGATAGCCCTGATTCATTAGAAAACATTCCAGAAAAGTGGACACCAGAAG
TCAGACATTTTTGTCCTAATGTACCTATTATTTTGGTTGGAAATAAGAAAGATTTGCGAA
ACGATGAATCCACTATTAGAGAACTTGCTAAAATGAAGCAAGAACCGGTAAAAACAGAAG
AAGGCCGTGCAATGGCTGAAAAAATTGGTGCTTTTGGTTATCTTGAATGTTCGTCTAAAA
CTAAAGAAGGCGTTCGAGAAGTCTTTGAACAAGCTACTAAAGCAGCTCTTCAAGCTAAAA
AGAAAAAGACTAAAAAGAGCGGTGGATGCGACCTTCTATGAGGAACTACAAGTCTTCATC
TTAGTAACAAAGCACGGCTTGAGTTATTAAATATCAAAACATTTCCTTTTTTGCAATTAG
ACTCTCGCACAAAACATAACACTCTTGAACTTTGTAGCAATGTGCTTGCTCGTACCTACT
TAGGTTTGTGCATTTAAAATATTAAACTGACTATCATTTTTTAATTTCAGTTTACTTGTA
AATGCGAGAAGTCATTTAGTGCTCTTAATTTTTGTACTTTTTTCCGTAAATTTATTTAGT
ACGAGTTCTCTTTAATGACATTTGCCCTAGACCATATTTTGTTTTGTTTTGATGTATGTT
GCAAAACTACGCAAATACTCAACGTTTTAGTGTCATTCGTGATAAAAATTACCTTATTAA
TGACAAGATGATCGAATGTGTTAAAATTATGCAATTATATTGGATAACAATTTAATCCAC
TAAATTTTATATAGTTTATAATGAAAAAAAGTTTGATTTCATTTGTGTATGTTTTTAGCA
TTATTTAATATGGTTTTGAATCTAAAACGCAAGGTTTTAGCTGCTTGAATATTTGTGCTT
TGTATCTTTGCATGTGTAATTTATTATGGTTTATGGATTGGGACATTAGAGAGCTAAAAT
ACTTAACAATAACAATAATAGACTGTAGGAAAATCGCACATTTTTCTAATTCAATTCCAC
TACAATTGTAACATAACATATTTTAATGTTGTGTTAATAATTTTAATGTGATTTACTAAT
GCTTACTGTTGATTTTTTTTCATTGGATTAAAAATTGTTACCTAACAAAGTTTAATAAAC
AAACCTTGGTCAATGATTTAAAGTAATGCTTCTGCTGAAAAATTACTGACTGTACTTGTG
TAACATGCTATTTTACAGAACACACTCTTGTATATGTTCTGTTAATTGTCTGCATTGAGT
TTAAAGTTTTGTATTTGTTTATTGTTAGTTTAATTTTTGGAAATTCATATTGACCATATT
TTACCTCTAATGGTCTTAATAAACATGTCCAGTGGATGTCCACAGTGCTTTTTATTTAAC
TGGCTACCTGGACTTTTGAACCATCTTAAAGTTCTGTAACATACCTAATCGTATGACCAA
AAAGTAAACTTTGTGTGTATGTAGAAATATATGAAATAAAATAACCATTAAAATATTCAT
TGGAAA

InterProScan

ProSiteProfiles	Small_GTPase_Rho (IPR003578) - T[1-178] 28.249
TIGRFAM	Small_GTP-bd_dom (IPR005225) - T[5-159] 2.6E-45
SUPERFAMILY	P-loop_NTPase (IPR027417) - T[6-179] 1.54E-59
Pfam	Small_GTPase (IPR001806) - T[7-179] 5.3E-58

Best Blast Hits in UniProt

Protein Name	Identity	Bit Score	e-value
RHOA_HUMAN	88.718 %	357	5.7E-128
RHOB_HUMAN	82.812 %	333	2.06E-118
RHOC_HUMAN	86.667 %	353	1.87E-126