Aniseed - Transcript Card

Transcript Model

Transcript Id

KH2012:KH.C2.925.v1.A.SL1-1

Possible name(s)

SDC1; SDC2; SDC4

Gene model

KH2012:KH.C2.925

Location

KhC2 [6,364,569 / 6,372,350]

Sequences

Amino acid sequence

Length: 248

>KH.C2.925.v1.A.SL1-1
FVKSKKMLKKIGIVLLLVHLFQVNGQYSDNNKEFEGSGETTVDTIITDDEDMIDMMEGST
SGHMDLPSYDDELFLVHSLNKNLNFSTLATPTTGMNEVTTTIVRDTPPSLEKETWDEEPE
VILESTPPLSGHKDKEEIGEVPVKSKFDVEPSEMGDGDNVEVKDNEDGEVLSEKPSDPKK
TVSFAQSSQLMAALIIGGCVGLLFAVCVIMLLAYRMRKKDEGSYALDEQKKPASPSAYQY
SQGQEYYA

Nucleotide sequence

Length: 1,904

>KH2012:KH.C2.925.v1.A.SL1-1
ACATTGATTAACGAACGATATTGTAAAGTTGTGCCTCGTGGATTGAGTTTACAAAGTTTT
AAAAAGTTGACGTGAAAATTTGAGAAGGGTGAAGAAGGAAATATATTTGTTGGATTTATT
AATAATTTGTGAAAAGCAAAAAAATGCTGAAGAAAATTGGAATTGTTCTTTTGTTGGTCC
ATTTATTTCAAGTAAATGGCCAATACTCCGATAATAACAAAGAGTTTGAAGGATCGGGTG
AAACCACAGTGGATACGATCATTACTGATGATGAAGATATGATTGACATGATGGAAGGTT
CTACATCAGGTCACATGGATTTACCTTCATATGATGATGAACTCTTTCTTGTTCACTCCT
TGAATAAAAATTTAAACTTTTCCACTCTTGCTACACCTACAACAGGAATGAATGAAGTAA
CAACAACGATAGTAAGAGATACACCACCTTCACTTGAAAAGGAAACTTGGGATGAGGAAC
CTGAAGTAATCCTTGAGTCCACCCCTCCACTTTCTGGTCATAAAGACAAGGAGGAGATTG
GAGAAGTTCCTGTCAAATCAAAGTTCGATGTTGAACCAAGTGAGATGGGTGATGGAGATA
ATGTAGAGGTTAAAGACAATGAAGATGGGGAAGTTCTATCTGAAAAGCCAAGTGATCCAA
AAAAGACGGTTTCATTTGCTCAAAGCAGTCAGTTAATGGCAGCGCTTATTATCGGCGGGT
GCGTGGGTCTCCTGTTTGCCGTGTGCGTTATCATGCTTCTTGCATACCGCATGCGAAAGA
AAGATGAAGGAAGTTATGCTCTCGATGAACAAAAGAAACCCGCATCACCTTCTGCTTACC
AGTACTCACAGGGGCAGGAATACTACGCCTAGTCGAACTATAGAGCGAATGATGCGTGCC
AAGTTATCCATGTAAATAATATCTGCTCTTCACATTCAACTATCTACCTGTATTATCAGC
ACATATGTAGTGGATAGACAGCCAGTTTGACACCACCCTCTACATTAGGGTACATTGCTT
GTTCTGTATGGTAAGAGTTGGGAGAAAATGAGCTATTGCTCTGATTTTTATTGCCATCTG
GAACTTTATTATTATTATTACTTGTGTCCTACAACATTTTTTGTGTGGTTTTGTACAGTT
TTCCAGTCTAAAACTCGGTGCGTCACTTAAGTTCACAAATTTTCATATCTCAAGGTCCTA
ACCACATTTTGACGTAGCATTATTTGCTCATAATGTCCATTGTTGTTAAATGGTGCAAAC
ATTTCAAAGTTGCTGAGGCTGTTAAACAGTTGCTGATCTCCTTATACACTCGGTGCTAGT
ATTTTTACATTTTAAACACAGATAATTTAAAAACCATAATTTTTAACAATGTTAAAGCAT
AGGAAATGTATTTTTAAAGATTTCCCAGATTTTTATTGAATGTTTTCAATCAGCACATGA
TAATTGTTGCAAGGCCCTTCTTATGTAAGTGAAGCTCTTTCTAGTTGCGTTTTATCATTT
TTGTTGTTTTGATTTTTGTTTGTGGGATTAGAATCAAGATGTTTTCTCCTTAGATTTCAT
GGCCAGTGTTTCCTTTATTCGAAATTTACCGCAAAATCTAAACATTTTAAATGGTGATGA
AAACACTGGCCATGGAACATGTATTTAATCATCATTGTATGTAAAGTTATAACATACAGT
TGGTGGACATAGCGAACATTACGCTCCTTGTACAAAATACTCCAAGTGCATTCCTACACT
AAGTAACCCTCAAAAATATATCATTAATTATTAAGCTTTTTGCTTTTATCTGTTACAAAT
GTATCAGGTACAAATCGCAGCATGGTTTTGGTGCTTTAGCAAGCTCACGTAATGTCGTTA
TCAAACTGAACACGTATTGTACAAAGTAATACATTTTTTACAGT

InterProScan

PANTHER	Syndecan_inverte (IPR031198) - T[7-131] 5.8E-41 - T[133-248] 5.8E-41
PANTHER	Syndecan (IPR001050) - T[7-131] 5.8E-41 - T[133-248] 5.8E-41
Pfam	Syndecan/Neurexin_dom (IPR027789) - T[184-245] 6.6E-24
ProSitePatterns	Syndecan_CS (IPR030479) - T[214-224] .

Best Blast Hits in UniProt

Protein Name	Identity	Bit Score	e-value