Aniseed - Transcript Card

Transcript Model

Transcript Id

KH2012:KH.L137.2.v1.A.SL4-1

Possible name(s)

RNF139; RNF145; SYVN1

Gene model

KH2012:KH.L137.2

Location

KhL137 [36,549 / 44,876]

Sequences

Amino acid sequence

Length: 345

>KH.L137.2.v1.A.SL4-1
LFNHINVKVVNWKNAHIVTTMFMAAVQCMTTTINLFGFVCIVKEVIKLQYFIIRSWLHCS
FHNHPPDPVSDPLTGTIDGITFLIMSLYTDILNTDLEGRFLILIYILFTIASSQFQSIFN
IIDPILMTLATAHNGTFWKHLRTVMLATVLLFISGVLSYISFFTMSSTFWVFIIAYNYVN
TFSLMLGSMSIYLVLMIDYHTLRGWQSLDDVMFYIRGACRAVEFIVTLCMCGYIMMTFYM
EMTSAAGIVMLAAYTYYCIVQRGGKGWKIWMMRRQASCKVQSLPRATKEDLRNKSDLCPI
CYQMMESEVRVMHCKHYFHENCLKKWFYIQDKCPLCYAQFQSVAF

Nucleotide sequence

Length: 1,705

>KH2012:KH.L137.2.v1.A.SL4-1
ACTTGTTTAACCACATCAATGTTAAAGTGGTGAACTGGAAAAATGCTCATATAGTAACAA
CAATGTTTATGGCAGCAGTTCAGTGCATGACAACTACCATCAACTTGTTTGGATTTGTTT
GCATAGTGAAGGAGGTCATCAAGCTGCAATATTTTATAATAAGGTCATGGCTTCATTGTT
CATTTCACAACCACCCACCAGATCCAGTCAGCGACCCCTTAACTGGTACCATTGATGGAA
TTACTTTTCTTATAATGTCCCTTTACACTGATATTCTTAACACAGACCTAGAAGGAAGAT
TTCTTATTTTAATTTATATTTTATTCACAATTGCTTCATCACAATTTCAGAGTATCTTCA
ATATAATTGATCCAATTCTTATGACATTGGCGACTGCTCACAATGGAACTTTTTGGAAAC
ATCTTCGCACTGTCATGTTGGCAACTGTGTTGTTATTCATATCTGGTGTTTTATCATATA
TCTCCTTTTTTACAATGAGTTCAACATTCTGGGTGTTCATCATTGCGTACAATTATGTGA
ACACTTTCTCATTAATGCTGGGCTCAATGTCAATTTACTTGGTTTTAATGATTGACTATC
ACACACTGCGTGGATGGCAGAGTTTGGATGATGTAATGTTTTACATACGAGGTGCATGTA
GAGCTGTAGAGTTTATAGTTACGCTCTGTATGTGTGGATATATTATGATGACTTTCTACA
TGGAAATGACAAGTGCAGCAGGTATTGTAATGCTGGCTGCTTACACATATTACTGTATTG
TCCAACGGGGTGGAAAGGGTTGGAAGATTTGGATGATGAGAAGACAAGCTTCTTGTAAAG
TTCAATCACTGCCAAGAGCAACCAAAGAAGATCTTCGAAATAAAAGTGATTTATGTCCAA
TTTGTTACCAGATGATGGAGAGCGAAGTACGGGTCATGCACTGCAAACATTATTTCCATG
AGAATTGCCTTAAGAAGTGGTTCTACATTCAAGATAAATGTCCGTTGTGCTACGCTCAGT
TTCAATCAGTTGCTTTCTAACTTAAATAAGCAATAAAACACCATTATTATAAAGTTTGTG
ACTACCCAATTTAAGAGTTAAAGTTTGTGACTACCCAATTAAAGAGTTAAAGTTTATGAC
TACTCATAAAGTCCTGGGGCAATGAAAGGTTTAAAGACTGAGTTACAACATACGCCAGCT
TGTGTCTCATTAAACCTTGCACCCTAATCTCTGTGCAATATAGGCAGGTGTGTCATGGAA
CCAAACGTTACACATATCTATTCAAATGGCCTGTTATTTAGGTAACCCAAGTAGCCAGTA
CATTTTATTTTACTTTTCAATGACCTGTTTATGTAGCATCAGCTAAATTTTTGTTTTGTT
TAGATCAATTGGTTTTTTGTTCATTGTGCATCTAAAAAGCCTCAAATACTACAACACTTC
AGCAACCCGTAATCCTAAATAATTTTACAATGATTCTTTCTACTTAAAACCATGTTTTGT
GTTATTGGCTGCAATTACATGAAGTTGATAAATTAACGATTTTAGTTGCTATATTCGGTA
CACCAAAACAAAATAAATCTTGCCGCTAACGAAACATTAACAGTGAAGACCATTATTGTA
AAGCACTGTGACAAAGTTCATACCTTTTTCTGGCTTTGCTACTACATATGGTGTATTTAT
AACAGAAAATACATGTAACTAAGCA

InterProScan

Pfam	TRC8_N_dom (IPR025754) - T[10-267] 4.4E-39
Gene3D	Znf_RING/FYVE/PHD (IPR013083) - T[271-344] 1.4E-15
Pfam	Znf_RING (IPR001841) - T[297-336] 5.7E-10
SMART	Znf_RING (IPR001841) - T[298-336] 8.0E-8
ProSiteProfiles	Znf_RING (IPR001841) - T[298-336] 11.973

Best Blast Hits in UniProt

Protein Name	Identity	Bit Score	e-value
RN139_HUMAN	30 %	152	2.58E-41
RN145_HUMAN	34.242 %	189	1.7E-54