- Transcript 'Harore.CG.MTP2014.S5...'
Transcript Model
Transcript Id
Harore.CG.MTP2014.S543.g07833.01.t
Possible name(s)
NONO; PSPC1; SFPQ
Gene model
Location
S543 [38,607 / 48,821]
Amino acid sequence
Length: 505
>Harore.CG.MTP2014.S543.g07833.01.p
MNLPVNLNQVCPAERLLIMPGNRHIPRYHSQNNHGKSHESPSGVKFESMELPSQRAAQPS
SVSKVDPPKPNMNEKQHPEGDGDSKNVLPGEKRFTQRSRLFVGNLPLDMSEEDFRKLFLK
FGEISEIFVNSSKGFGFVRLDTRANAEKAKWELDGYTIKNRQLRIRFASHGAALSIKNLS
PFVSNELLESAFSQFGNVERAVVIVDDRGRSTGRGIIEFARKASATKALQQISDGCFLLT
SSPQAVVVKPLEQEDTEDGLGEKNIPRNQQYFQEREAPPRFAQPGNFEYEFALRWKALDE
MERQLKEQSEKTIAAAREKLELEMESAIHDHKTMMMKQDLMRRQEELRRLEEARQRELER
RGQLEMAREDAHNKELQVLANRQEVLRAQVEGNYKQPMSREEQAFNRNQGQRSGGFGGNV
NNPMMQEALAHEMLGSGQGGLGPAPTRQSRYDPGISGNSPSSSGNRGYPPQGPGYNTSGP
GYGGAPRRGYNSPMEYDGAQKRRRY
Nucleotide sequence
Length: 4,617
>Harore.CG.MTP2014.S543.g07833.01.t
ATGAATCTACCGGTGAATTTAAACCAAGTGTGTCCAGCAGAAAGATTACTAATAATGCCA
GGGAACAGACATATTCCTCGATATCACAGTCAAAATAACCACGGCAAGTCCCACGAGTCG
CCGTCAGGAGTAAAATTTGAATCTATGGAATTACCATCTCAGAGAGCTGCACAGCCTTCT
TCTGTGTCGAAGGTAGATCCTCCAAAACCAAATATGAATGAGAAACAACATCCTGAAGGA
GATGGTGATTCAAAAAATGTTCTACCCGGCGAAAAGAGGTTCACCCAGAGGAGCAGACTG
TTTGTGGGAAATCTCCCGTTGGACATGAGCGAGGAAGATTTTCGGAAATTATTTTTAAAA
TTTGGAGAAATATCAGAAATATTTGTAAACAGTAGTAAAGGATTCGGATTTGTACGATTG
GACACAAGAGCTAATGCAGAGAAGGCCAAGTGGGAACTGGACGGCTATACAATAAAAAAC
AGACAACTCAGAATACGCTTTGCTTCGCACGGTGCTGCATTGAGCATAAAAAATCTTTCG
CCTTTCGTTTCAAATGAACTTTTGGAAAGCGCCTTCTCCCAGTTCGGTAACGTCGAACGT
GCCGTTGTGATAGTCGACGATCGTGGCCGTTCCACAGGCCGAGGAATTATCGAGTTTGCG
AGGAAAGCCTCCGCTACAAAGGCTCTTCAACAGATATCAGATGGGTGTTTCCTTTTAACT
TCCTCACCACAAGCTGTTGTAGTTAAACCGCTTGAACAAGAAGATACAGAGGATGGTTTG
GGTGAGAAAAACATTCCACGAAATCAACAGTATTTCCAGGAGAGAGAGGCTCCACCACGT
TTTGCTCAACCTGGCAATTTCGAGTACGAATTCGCTCTTCGATGGAAGGCTCTCGACGAA
ATGGAACGACAACTGAAAGAACAGAGCGAAAAAACAATCGCTGCTGCGAGGGAAAAGCTT
GAACTTGAAATGGAAAGTGCTATCCATGATCATAAGACTATGATGATGAAGCAAGATTTA
ATGAGGAGACAGGAAGAACTGCGAAGGCTTGAAGAAGCAAGACAAAGAGAATTGGAAAGA
AGAGGGCAACTAGAAATGGCTCGTGAAGACGCTCACAACAAGGAGTTACAAGTTTTAGCA
AACAGACAAGAAGTATTGCGAGCACAAGTTGAAGGGAATTACAAACAACCGATGTCCCGC
GAAGAACAAGCATTCAACCGAAACCAGGGGCAGAGGAGCGGAGGCTTTGGTGGCAATGTG
AATAATCCTATGATGCAGGAAGCGCTTGCTCACGAAATGCTAGGCAGTGGTCAAGGTGGT
TTAGGACCGGCACCGACCCGACAGTCACGTTACGATCCAGGTATTAGCGGAAATTCGCCC
AGTAGTAGCGGGAACAGGGGATATCCTCCACAGGGTCCCGGATACAATACCTCGGGACCC
GGTTATGGTGGAGCCCCGAGGCGTGGGTATAATAGCCCGATGGAATATGATGGTGCTCAG
AAAAGGCGTAGATACTAAGACTAGCTGACTTTTCACTACAATCCGTCTCTTTCTCAGAGA
CTAAAAAACTCAAAAAAACGCATACATTCGTGATTTCAGGCTAACACCTAGCCAATCATG
TTGGAAATTTGTACAGGACGATTGTGAAACTTGTGAAAAGACATATCTATATCATGCTCA
CGTATCTGGTATGACTAGCATGCAGCTGATCCACTTCGTAAATTCACTAGTACGCTTCCA
ACTAACCGTGTTTTTGTAATTTGTGACTGAAGTCCTACTGTTGTCGTAAATTTTCAGTGG
AAGATGTAAGTGTGAATTATTGATCATGGTCTCTTGTTGGACAATAGTGTGTAAATAAAT
TGTTTTTATGTCAAAAACTTAGCAGATTTTCTGTTGATTAATTAAAAGTGCATCGAAAAT
TTCGTAATCGAAGCCCATTGGTACTAGGTAGTAGGTGATGCGTAAAAATATATTCACAGT
GTAGTTTGATGATATATAGCTGAATTATTCCCATTGGTTATTTATTATATTACTCAGATT
AAATCTCACAGGTCATCCTCATTCCTATACAGTATTGAAACACTTCTGTTATCTTGATTG
ACGCCCATAAGCTACAGTTTCTGTATCATTTTATGCTTTCAAACTTAATGAGAAAAGCAA
AATACTCGTAATTTGGAACCCTCGGACACAGTGGAAGTGGTGCACCAGCAGACGCAGTTA
GGCACTTGTTATGCAACTTTATTTTCTCAAGCGCAAGGTTCTGTTATATAATTCTAATGG
CAGACATCCCGGGTTTTATTTACAATCAATCGCAGAAAAATTGTTATTGTCTTTGGTACG
GTTGTTATGCTACGTCATAATCTGGAATGCATCAGTATTTGTGGTACCTTTGTTAGCAAA
GTTTTAGTCGGAAGTCTCCTCGGAACAATGAAATAAGAACACTGCATACCTATATCCTAC
CCTCCATCATACATAAATATTGCATTGAATAGTGCTGTAATATTATGCTTGTACCGGCAG
GTTGCTCAAGGACAGAGGTTACAAATGAGAATGTACCTCCCCCAGAGGATGTTTCAAATT
TTGGGTGACCCATCAATTATGCCATGGCAGATTATTGTACTTAATCAAATCTAACAGCAG
ATGTAATGGACTTGATGTCTTTATTAAGTTGTAAATCGTTTCATTGCGAAGTATTGTAAA
TTATATCCGATTGTAAACTGGGAAATTTGTGCTTCGACTCGACGTAGTGATTTTGACTTG
CAGTCATGCTAACTTGTGTTTCATCCCCACGTAAAAGACTGACCGAAAGGTTATTCCAAT
GTAAACTTGAATGACATCTTCAAAACAAAATACCAAGTTGGAAATTTCAAGGCGGAACAA
TGGTAAGTAAAATATTTTCACTTGTTTCAAAGTACTTCATAATTATTTTTTTATTGACAG
GATGAAGATTTTTCATTTGTTAGTTCTTCAGTGTTAAGTTTAAATAGGTGCGAACTGCGA
GCGAAGGTATTTGATCGCTCAAATCTTTCTGTATATTAGAGAATAGTTCGGCTACATGTA
CACCATTGTATTCGTTCATAACTCACCGTCACTGATGAATTGTTGTAGACATATTTGCAA
GAGTTGTAAAATTATGTTCTGCCCGCTGAGGTTATTGTGTGCGTGTGATAGGCGTATCAC
TTATCCTTATACGTACTTGCCTACAAGTCAGTTTGTCGTCATCAACATTCACAGCGAAGG
ATCTTCAGTCCATATTAAATCGGTGTATGATAACATATGACCACATACACCTATACAACA
TCCTTCTTTTCGATAGTTTAAATCTTGACATCCTACTTTGCTGCTTCATATAATAGAAGA
AACTTGTATGTATCTAGGTATTTCCATCGTGTTTAATGCACAATATTCTACATGGCCAAA
ATTTCAACATAGAACTATATAAAATGATGTAGTGCGAACTTTAACTATAGGAACGTCGAT
GCAAACTCTTGTATGACAGGTTTACCAATGATGTAGTTGATATTTCATAAAATAAACATA
TGCTAAGATAGAAGGTTAAAACAACGATAAATTTCAGCATTGGTTAGTTGGTTGCTTAGT
GCTGTAAATGATTTTCATTACAAAAGTACTTAGTTTTACTTTGTGGTTGTATCTTGAATA
ATCTCTTATTTGGTCTATATAACAAGAAATATATATGCTACATAGATATCTACTTGGTAT
GTATTATTTCAGTATATTACACCGACTGGTAGTAACACAATTGAGATGATTTGACTGGAA
ATAGCTACATGAGATTGTACATTGTCAATAATCATTGTACCTGTGACCAGATTTGTTTTG
AACCTGATAAGCCATGGTAAACTGTATCCTCACTAAGATGATGATAAAGTAGATTTTGTG
CCCACACTAAGAAATAAACATAAAAAGATACATTGCATCTCCCTTCGAAGTCATCACTCT
TGCGGCAGTGCAGGCAGTTATTTGTTTCGTTGAGTAAAATGCTTATTAAATTTGGAACTT
GAGAAAGGGTTCATGCATCTACATAGATCAAGCTAGTAGGATATATGATGGGATGTAGAA
CTTTCTAGTTCAAAATTGACCGTATGTAGCATTTGTGAGTCTTCTGGTATGTATTGTGAC
TTGAAGATCTCACTTGATTATAAGGTAACTATGTTTTCAATTAAGTATGCCTAATTATAG
TATAAATGCAGCTCCAGTTGAACATTCAGAAGTTCATTTAGCCTATATTTTTATGTACTG
TTGTATAAAAGAACTGCCATAATTAATATAACACTAGTGATCATGATGTAAATATCAATG
GATTATTGTGGATTATTTCTTTTATTATGTAACCACGTGTTGGAATACTTGTATTAACTG
TAAGATATATTTGTACACTGCTGTAAAACATTCCTTTGAGATGGCTACTTATCTCCTTCT
GCATAAAATTGGACAATAGTTTTAATTAACTTGTGTTGCAAACCTGATCTACCATGATTC
GTGTCCGATGTAAATATAGCGCTTATGGATTTATTTTATAACTATTGATACAATCATCAC
TACAGTTCATTCAGCCTGAAAAGTACCATAACTGCTATATAACTTACTATACTGAAT
| Gene3D |
Nucleotide-bd_a/b_plait_sf (IPR012677) - T[82-172] 3.6E-24 - T[173-261] 1.6E-20 |
| SUPERFAMILY |
RBD_domain_sf (IPR035979) - T[98-232] 4.14E-35 |
| ProSiteProfiles |
RRM_dom (IPR000504) - T[98-170] 18.564 - T[172-253] 12.901 |
| SMART |
RRM_dom (IPR000504) - T[99-166] 9.1E-19 - T[173-249] 2.4E-9 |
| Pfam |
RRM_dom (IPR000504) - T[100-164] 3.2E-17 - T[175-231] 3.0E-13 |
| Pfam |
NOPS (IPR012975) - T[246-296] 1.1E-22 |
| Protein Name | Identity | Bit Score | e-value |
|---|---|---|---|
| NONO_HUMAN | 61.151 % | 359 | 1.05E-119 |
| SFPQ_HUMAN | 57.097 % | 364 | 9.81E-119 |
| PSPC1_HUMAN | 57.925 % | 357 | 2.34E-118 |